W dniu 20 lutego 2008 r. minister rozwoju regionalnego Elżbieta Bieńkowska zatwierdziła zmienione Wytyczne w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. Wytyczne obowiązują od 10 marca 2008 r.
Zaktualizowana wersja Wytycznych wprowadza nowe rozwiązania w zakresie kwalifikowania wydatków PO KL, które usprawnią system realizacji i rozliczania projektów przez beneficjentów, m.in. poprzez umożliwienie ryczałtowego rozliczania kosztów pośrednich projektu. Jedynym ważnym z punktu widzenia rozliczania wydatków w projektach ograniczeniem jest niekwalifikowanie składki na PFRON w przypadku wynagrodzeń personelu projektu.
Jednocześnie w celu uniknięcia problemów w stosowaniu nowych Wytycznych Instytucja Zarządzająca PO KL przyjęła uregulowania przejściowe, w myśl których nowe konkursy powinny być ogłaszane zgodnie z obowiązującą wersją Wytycznych, z zastrzeżeniem, że termin składania wniosków o dofinansowanie realizacji projektu rozpoczyna się nie wcześniej niż 10 marca br. Wynika to również z faktu, iż w dniu 10 marca br. dotychczasowa wersja Generatora Wniosków Aplikacyjnych zostanie zastąpiona nową wersją umożliwiającą wykazanie kosztów pośrednich zgodnie z zasadami wynikającymi z zaktualizowanej wersji Wytycznych.